マイナンバーカードの署名用電子証明書に対する処理が、以下の通り異なるためです。

＜1回目＞
マイナンバーカードの署名用電子証明書が有効かを確認します。

＜2回目＞
マイナンバーカードの署名用電子証明書を使用して、マイナンバーカード保有者ご本人による利用であることを登録するための署名処理を行います。